Der Sicherheit des Stadtarchivs galten vor allem während des Dritten Reiches einschneidende Maßnahmen. Zuvor schon beschloß der Stadtrat am 7.12.1928, daß wegen der Nichterrechenbarkeit des ideellen Wertes der Archivalien auf eine Feuerversicherung verzichtet wurde. Dafür erhöhte er aber den aktiven Feuerschutz durch Anbringung einer Eisentür und eines Minimax-Feuerlöschgerätes.

Bereits im April 1935 nahm der Stadtrat Fühlung mit der Generaldirektion in Hinblick auf eventuelle Flüchtungen von Archivalien auf. Das Staatsarchiv Bamberg wurde daraufhin angewiesen Wunsiedler Archivaliensendungen im Krisenfall aufzunehmen. Die Generaldirektion wies aber in ihrem Schreiben darauf hin, daß die Staatsarchive in größeren Städten untergebracht sind und deshalb ebenfalls Fliegerangriffen ausgesetzt sein könnten. Man sah hier eine bessere Unterbringung in geeigneten Räumlichkeiten auf Einzelhöfen oder kleineren Ortschaften, die kein lohnendes Ziel für feindliche Luftangriffe boten.

Tatsächlich wurden dann am 21.9.1938, als in Eger das Standrecht ausgerufen wurde, acht Kisten mit Wunsiedler Archivalien ans Staatsarchiv Bamberg geflüchtet, die aber bereits einen Monat später nach Wunsiedel zurückgebracht werden konnten. Fünf Tage nach Ausbruch des Polenfeldzuges brachte man am 5. September 1939 10 Kisten Archivalien in den Tresor der Wunsiedler Sparkasse. Dringendes Bedürfnis für Forschungszwecke und das Argument, daß die Archivalien im Rathaus ebenso sicher wären, brachten die Akten und Urkunden ein Jahr später ins Archiv zurück.

Als die Luftangriffe sich auch auf deutsche Kleinstädte ausweiteten, flüchteten die Wunsiedler 1943 die wertvollsten Urkunden des Stadtarchivs in einen entsprechenden Raum des Hospitalgutes Oberhöchstädt. Daneben wurden die übrigen Urkunden am 29. Januar 1944 in der Bruderstube des Wunsiedler Hospitals untergebracht. Kriegsschäden traten bei den Wunsiedler Archivalien nicht ein. Die ausgelagerten Bestände wurden nach Kriegsende wieder in die Archivräume in das Gewölbe des 1. Stockes des Rathauses zurückgeführt.