Die letzten Überreste der ehemaligen Bibliothek und eine neue angesammelte "rare" Bibliothek vernichtete der Brand von 1731, dem fast die ganze Stadt zum Opfer fiel. Nicht mehr als sechs Bände der nach vorsichtiger Schätzung immerhin mehrere hundert Bände zählende Bibliothek konnten gerettet werden.

Ab etwa 1760 bauten Rektoren des Wunsiedler Lyceums eine neue Schulbibliothek auf, bei der sie betont Gewicht auf das Stiften von Büchern aus früheren Zeiten legten. Gegen Ende des 18. Jahrhunderts umfaßte diese Bibliothek bereits wieder einen Bestand von 800 Bänden. Zwischen 1784 und 1802 errichtete die Wunsiedler "Gesellschaft zu Erforschung vaterländischer Geschichte, Sitten und Rechte", der älteste Geschichtsverein Deutschlands, einen "Büchersaal", der später mit der Schulbibliothek vereint wurde. Mit Auflösung des Wunsiedler Lyceums ging diese Schulbibliothek 1812 in den Besitz der Stadt Wunsiedel über.

Zwischen 1828 und 1856 unternahm man es auf Betreiben des Stadtrates erstmals, einen freilich nach heutigen Gesichtspunkten unzulänglichen Katalog anzulegen und eine Revision alles Bestände vorzunehmen. Danach schien die Stadt die Bibliothek gänzlich vergessen zu haben. Erst 1888 fand man sie in verwahrlostem Zustand auf dem Boden der Hospitalkirche wieder.

Im Jahre 1922 wurde die Bibliothek in einen sicheren Raum im 2. Stock des Wunsiedler Rathauses verbracht, ihrem jetzigen Unterbringungsort. Ab 1926 erfuhr sie eine sachgemäße noch heute bestehende Ordnung, Ausbesserung und Aufstellung. Der damalige Bestand umfaßte über 2000 Bände. Da ein Großteil der Bücher theologischen Inhalts war, wurde die Neuordnung gemeinsam von der Stadt Wunsiedel und dem Evangelischen Pfarramt finanziert; man gab daher der Bibliothek den offiziellen Namen "Stadt- und Kirchenbibliothek Wunsiedel". Mit der Einstellung einer ehrenamtlichen Archivarin in den fünfziger Jahren und eines hauptamtlichen Archivars in den achtziger Jahren wurde die Bibliothek dem Stadtarchiv
unterstellt. Gleichzeitig begann man mit dem systematischen Aufbau einer Amtsbibliothek für das Stadtarchiv neben dem Altbestand, der nicht mehr erweitert wird. Dagegen werden für den Neubestand, der mittlerweile mit dem Altbestand einen Umfang von 6000 Bänden umfaßt, kontinuierlich Exemplare zur Geschichte der Stadt, des ehemaligen Sechsämterlandes und der Geschichte des Regierungsbezirks Oberfranken und Oberpfalz angekauft und gesammelt.